España alteró la organización andina y los reorganizó en sus pueblos bajo el nuevo régimen, de esta manera se perdió la coherencia del mundo andino conocido hasta ese entonces. El pueblo nativo trató de defender su lengua, sus creencias, sus costumbres, sus leyes, su comida, música, artesanía y se resistía a cambiar su estilo de economía, pero al mismo tiempo fue sometido al régimen impuesto por los españoles. Hasta cierto punto se toleró esta resistencia cultural mientras no sea una amenaza para el nuevo sistema de gobierno que trajeron los conquistadores. Era necesario, así lo dictaba el proceso de conquista, que no solo se gane en las guerras que surgieron, ni que se repartan las nuevas tierras, sino, también españolizar a la cultura nativa, llegar hasta sus raíces y darles una nueva identidad, alterar su cultura en beneficio del orden de la colonia, del virreinato y su nueva sociedad. Lo hispano y europeo obtuvo un carácter dominante mientras se buscaba integrar a los nativos a este nuevo mundo.

Y nació, así, una gran discriminación entre serrano, costeño, indígena y el nuevo criollo; entre lo rural y lo urbano. Estos contrastes se dieron a toda escala durante el virreinato y que es una triste herencia en la actualidad. El pueblo andino pasó a una situación de esclavitud, desarticulados y separados por todo el vasto territorio, obligados a trabajar forzadamente en las minas y haciendas, que se iban formando para llenar de riquezas y poder a los opresores. Se mermó hasta lo más ínfimo de la cultura andina que, reacia, trató de sobrevivir.

Los conquistadores sabían que era difícil controlar a las masas, era difícil arrancarles la cultura, la identidad, a pesar de destrozarles el alma a los nativos, estos no se doblegaban, por ello empezaron con su proceso de españolización basados principalmente en el catolicismo. Se comenzó a bautizar a todos los indígenas posibles, quienes, en su rol de sometimiento, aceptaban aún sin entender las nuevas creencias. Se dieron procesos de extirpación de idolatrías en diferentes campañas y en diferentes pueblos. Estos procesos de extirpación consistían en aniquilar todo vestigio de adoración que no sea católico y reemplazarlos por íconos que representaban dicha religión que los nativos aceptaron por pura conveniencia al principio, pero luego modificaron sus costumbres, su identidad y evolucionaron hasta las representaciones culturales que conocemos hoy.